「獻給愛著幪面超人的你。」

在常磐莊吾（奧野壯 飾）及桐生戰兔（犬飼貴丈 飾）的世界裡，突然發生了一些異變：同伴如同變成另一人般，相繼失去記憶。與此同時，「超級時劫者」泰德（大東駿介 飾）突然出現在兩人面前。在他身旁的另類電王與另類W將他們強力之手，伸向一位少年‧信吾。在保護信吾的戰役中，莊吾遇見了喜歡幪面超人的青年‧阿塔爾。另一方面，與泰德對戰的戰兔則被洗腦及操縱…… 雖然在強敵手中拯救信吾是莊吾等人，但阿塔爾卻告知了一件驚人事情：「幪面超人並不存在於現實之中。」 與謎之異魔神‧風塔羅斯訂下秘密契約的他，所說的話有何含意？

從何時開始，幪面超人因甚麼原因成了虛構的存在？ 在謎團逐漸加深之時，莊吾和戰兔跟隨著泰德的身影，來到初代平成幪面超人誕生之地‧九郎岳的遺跡——

「在你的記憶中，他們仍然存在嗎？」