在著名的升學學校「椚丘中學」中，被所有人放棄並視為垃圾的3年E班面前，有一隻無論怎樣看都不是人類的章魚型謎之超生物突然出現，而且還說要成為這「垃圾班」的班主任﹗

這隻生物已經將月球的7成破壞掉，並預告將會在一年後的3月將地球也毀滅…雖然由各國政府派出的暗殺者、軍隊都試圖將牠殺掉，不但功敗垂成，在作戰期間更被擁有超高速的牠，游刃有餘地把戰鬥機、導彈等「打磨」得閃閃發光﹗

在地球要被毀滅的倒數中，那隻謎之生物卻不知為何，主動向政府提出要求做椚丘中學3 年 E 班的班主任。於是國家只好將對謎之生物、通稱「殺老師」的暗殺任務秘密地委托給 E 班的學生們，而且成功報酬是 100 億日圓﹗一眾E班學生在迷惘之中，嘗試用各種手法去暗殺…

用超速來迴避學生們的「暗殺」的殺老師，面對這班已被放逐遺棄、忘記怎去相信別人、甚至忘記怎樣保持自信的學生們，用「難以想像的方式」認真地教育，決心把他們的內心好好「打磨」﹗看到這樣的殺老師，學生們都開始慢慢拿出「幹勁」（殺意）來，但最終他們能夠在畢業前完成目標嗎？還有，意外地疼愛學生的「殺老師」究竟有何目的？