故事發生在被天空之壁分為三區塊的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出現了《幪面超人EX-AID》世界的敵人怪人崩源體：為何不該出現在這的敵人會來到這世界？面對神祕敵人而毫無應對方法的戰兔，一個身體半邊被金屬覆蓋的神神秘男人出現在他眼前。

自稱科學家的男人啟動了巨大的機器，上空竟出現了倒立的另一個世界。另一邊，EX-AID的世界也發生同樣的狀況。有天空之壁的世界正逐漸的墜落到 EX-AID的世界，距離兩個世界衝突碰撞的時間還剩下24小時。世界末日的倒數開始…！

面對前所未有的危機，能拯救人類的只有那群戰士。凌駕前作的規模，前所未見的動作場面，不該有交集的英雄們終於相遇。謎團重重的故事即將解開——